目前，mNGS主要針對病原微生物的DNA，并使用二代測序技術(shù)產(chǎn)生較短的序列，因此會忽略一些以RNA為主要遺傳物質(zhì)的病原微生物。即使基于RNA的分析或宏轉(zhuǎn)錄組的研究相對較少，但都表明靶向RNA的檢測能有效揭示功能活躍的成員/基因；此外，雖然細(xì)菌基因組只有幾個rDNA拷貝，但rRNA分子含量在活躍細(xì)胞中卻是極高的，理論上，靶向RNA可以避免占優(yōu)勢但處在休眠的微生物占測序讀數(shù)的比例。

以O(shè)xford Nanopore Technology測序技術(shù)為代表的三代測序擁有快速制備文庫及超長讀長等優(yōu)勢，能有效提高臨床樣本中病原的檢測。與此同時，ONT直接RNA測序技術(shù)也為臨床樣本中RNA病原無偏的檢測提供了可能。至此，中國科學(xué)院微生物研究所王軍課題組與解放軍總醫(yī)院呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)部、南方醫(yī)科大珠江醫(yī)學(xué)院和北京大學(xué)第三醫(yī)院合作，收集了肺泡灌洗液（BALF）、腦脊液（CSF）和血液（Blood）樣本，建立了RNA/cDNA靶向測序（mtNGS），以減少臨床樣本中的宿主核苷酸比例，并通過與牛津納米孔技術(shù)（ONT）相結(jié)合（mtTGS）以縮短測序時間。

研究表明，與mNGS相比，mtNGS提高了微生物讀數(shù)的比例，促進了細(xì)菌病原的鑒定，并能對真菌、病毒和抗生素抗性基因進行檢測，與傳統(tǒng)臨床檢測結(jié)果基本一致。此外，基于ONT的mtTGS由于其較長的讀長優(yōu)勢進一步提高了病原微生物的鑒定，也加快了診斷的時間。利用ONT的直接RNA測序和靶向測序的測試表明，ONT顯示出重要的病原檢測潛力，但仍需進一步發(fā)展。因此，這項研究表明靶向RNA的臨床樣本病原檢測有更高的潛力，特別是當(dāng)與ONT的發(fā)展和技術(shù)更新相結(jié)合時。

上述研究成果已于2021年10月在Advanced Science期刊上發(fā)表，中國科學(xué)院微生物研究所病原免疫重點實驗室助理研究員趙娜、博士生曹佳寶、助理研究員徐嘉悅、北京大學(xué)第三醫(yī)院劉貝貝博士、解放軍總醫(yī)院第八醫(yī)學(xué)中心呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)部博士生劉斌、南方醫(yī)科大學(xué)珠江醫(yī)學(xué)院陳定強博士為第一作者，中國科學(xué)院微生物研究所王軍研究員、南方醫(yī)科大學(xué)珠江醫(yī)學(xué)院周宏偉教授、解放軍總醫(yī)院第八醫(yī)學(xué)中心呼吸與危重癥醫(yī)學(xué)部解立新主任為通訊作者。該研究得到了國家自然科學(xué)基金、中國科學(xué)院先導(dǎo)項目和科技部重點研發(fā)計劃等項目的經(jīng)費支持。