深圳子科生物報道：華中農(nóng)業(yè)大學信息學院、生物醫(yī)學與健康學院龔靜教授研究團隊在《Nucleic Acids Research》（IF：11.1）雜志先后發(fā)表題為“ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types”和“SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers”等2篇文章。

系列文章對多種癌癥中遺傳變異的功能進行深入分析，發(fā)現(xiàn)了大量可調(diào)控ncRNA和可選擇性多聚腺苷酸化（APA）的遺傳變異位點，構(gòu)建了在線數(shù)據(jù)庫，方便其他研究者使用。

研究表明，非編碼RNA（ncRNA）在生物學過程中具有重要功能，一些遺傳變異（SNP）可通過影響ncRNA表達而導致疾病。目前雖然有一些ncRNA得到深入研究，但絕大多數(shù)ncRNA的功能仍有待解析。

在該研究中，研究團隊基于TCGA的癌癥多組學數(shù)據(jù)和全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）數(shù)據(jù)，開發(fā)了新的生物信息計算方法，系統(tǒng)鑒定了能影響ncRNA（包括lncRNA和miRNA）的表達數(shù)量性狀基因座(ncRNA-eQTL)，并進一步整合了GWAS數(shù)據(jù)和臨床信息，鑒定了與GWAS表型或臨床信息相關(guān)的ncRNA-eQTL，并搭建了ncRNA-eQTL的數(shù)據(jù)平臺。用戶可通過ncRNA-eQTL數(shù)據(jù)庫查詢和下載所有ncRNA-eQTL結(jié)果，包括不同癌癥類型的順式和反式ncRNA-eQTL、患者存活時間相關(guān)的ncRNA-eQTL，GWAS 相關(guān)的ncRNA-eQTL。

此外，該平臺提供批量查詢功能，可跨癌癥類型比較多個功能性ncRNA-eQTL或基因。該平臺為探索SNP、非編碼RNA和癌癥表型之間的關(guān)聯(lián)及其潛在的生物學機制提供極大便利。

研究結(jié)果表明，可選擇性多聚腺苷酸化（APA）可通過識別轉(zhuǎn)錄本上不同的PolyA加尾信號，使轉(zhuǎn)錄本具有不同長度的3’端非翻譯區(qū)（3’UTR），從而影響其生物學功能。SNP是人類遺傳變異的最常見類型，在人類復雜性狀和疾病中發(fā)揮重要作用。

近來發(fā)現(xiàn)，一些遺傳變異可造成APA功能失調(diào)，APA也與癌癥的發(fā)生發(fā)展密切相關(guān)。研究團隊利用公共數(shù)據(jù)庫多種癌癥樣本的基因型數(shù)據(jù)和APA數(shù)據(jù)，通過生物信息學方法系統(tǒng)鑒定了影響APA事件的遺傳變異（apaQTL），并根據(jù)基因調(diào)控方式定義了順式和反式apaQTL。在進一步整合GWAS數(shù)據(jù)后，鑒定了落在GWAS區(qū)域的tag SNP及其連鎖不平衡LD區(qū)域中的apaQTL，并利用樣本的臨床信息鑒定預后相關(guān)的apaQTL。

研究團隊搭建了SNP2APA數(shù)據(jù)庫展示這些結(jié)果，同時設計了軟件在線預測SNP對多聚腺苷酸化信號的影響。該數(shù)據(jù)庫將成為APA和SNP等研究領域的重要資源。

原文標題：

ncRNA-eQTL: a database to systematically evaluate the effects of SNPs on non-coding RNA expression across cancer types”和“SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers

SNP2APA: a database for evaluating effects of genetic variants on alternative polyadenylation in human cancers