深圳子科生物報道：piRNA (PIWI-interacting RNAs) 是一類長度約為24~31 nt的非編碼小RNA，通過特異性地與PIWI蛋白結(jié)合而發(fā)揮生物學(xué)作用。piRNA主要在生殖細胞系中表達，其數(shù)量眾多，因此引起了眾多科研人員的廣泛關(guān)注。piRNA的發(fā)現(xiàn)為非編碼小RNA的研究開辟了一個新領(lǐng)域，被Science評為2006年十大科技進展之一。

自piRNA被發(fā)現(xiàn)以來，對其研究進展迅速，現(xiàn)已發(fā)現(xiàn)其在生殖干細胞分化、胚胎發(fā)育、維持基因組完整性、表觀遺傳學(xué)調(diào)控、異染色質(zhì)的形成和物種的性別決定等方面起著重要作用，此外在抑制轉(zhuǎn)座子轉(zhuǎn)錄和基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控中也扮演重要角色，并且越來越多的研究表明在癌癥組織中piRNA的表達也不盡相同。

來自中科院生物物理所健康大數(shù)據(jù)研究中心的研究人員發(fā)表了題為“piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences”的論文，發(fā)布了最新版的piRBase (piRBase release v2.0)。

piRBase是一個整合了不同類型的piRNA數(shù)據(jù)來輔助piRNA功能研究的數(shù)據(jù)庫。該數(shù)據(jù)庫對相關(guān)數(shù)據(jù)進行了收集、注釋、可視化，將有助于更好地研究piRNA的功能。

這一研究成果公布在10月29日的Nucleic Acids Research上，中國科學(xué)院生物物理研究所陳潤生院士、何順民研究員為本文共同通訊作者。中國科學(xué)院生物物理研究所健康大數(shù)據(jù)研究中心王佳佳、張鵬副研究員和路一平為本文并列第一作者。

何順民研究員與其合作者在2014年發(fā)布了piRBase數(shù)據(jù)庫的第一個版本（Database (Oxford)，2014）。piRBases數(shù)據(jù)庫是國際RNA聯(lián)盟RNAcentral收錄的唯一一個piRNA專業(yè)數(shù)據(jù)庫。之后，他們又系統(tǒng)的發(fā)現(xiàn)了piRNA對編碼基因的剪切調(diào)控作用（Cell Research，2015），并開發(fā)了piRNA靶基因預(yù)測算法（Bioinformatics， 2016）?；谶@些工作成果，此次piRBase升級既包括原有模塊新數(shù)據(jù)的收錄，又涉及到新模塊的添加以擴展piRBase的綜合性和全面性。

最新版piRBase中piRNA的數(shù)量達到了1.7億多條，覆蓋了21個物種的264個數(shù)據(jù)集，是目前數(shù)據(jù)量最大最全的piRNA數(shù)據(jù)庫。鑒于piRNA的功能多樣性，piRBase根據(jù)其來源將piRNA劃分為重復(fù)序列來源和基因來源兩大類；在piRNA靶基因模塊中除了添加了新收集的piRNA的靶基因，他們還根據(jù)自己研發(fā)的預(yù)測方法對piRNA的靶l(wèi)ncRNA進行了預(yù)測并在piRBase中進行了收錄展示為相關(guān)研究人員提供可靠的候選靶基因；piRBase進一步對piRNA相關(guān)的表觀遺傳數(shù)據(jù)進行了收集整理旨在推進piRNA和表觀遺傳調(diào)控之間的研究。

此次升級主要新增piRNA與癌癥以及在線工具兩個模塊。piRNA與癌癥模塊收錄了8種癌癥中piRNA的表達情況來輔助癌癥相關(guān)的研究；此次更新還提供了多個在線工具可以為用戶提供更好的體驗。piRBase中所有相關(guān)數(shù)據(jù)都可以通過piRBase (http://regulatoryrna.org/database/piRNA/) 網(wǎng)站的UCSC genome browser進行可視化。

piRBase的此次更新工作主要由中國科學(xué)院生物物理研究所健康大數(shù)據(jù)研究中心(http://bigdata.ibp.ac.cn)完成。該研究中心于2015年5月成立，陳潤生院士任中心主任，何順民研究員任中心常務(wù)副主任。中心主要針對生物組學(xué)大數(shù)據(jù)進行整合挖掘分析研究，并輔以開發(fā)組學(xué)研究分析的新技術(shù)，力求打造圍繞國家精準醫(yī)學(xué)和重要戰(zhàn)略生物資源的組學(xué)數(shù)據(jù)存儲、應(yīng)用和共享的公共技術(shù)支撐體系。經(jīng)過近三年運行，中心發(fā)展迅速，已完成測序平臺、計算集群和數(shù)據(jù)存儲平臺、多組學(xué)生命數(shù)據(jù)分析平臺和數(shù)據(jù)共享平臺的建設(shè)。

原文標題：

piRBase: a comprehensive database of piRNA sequences

https://doi.org/10.1093/nar/gky1043