深圳子科生物報道：循環(huán)腫瘤DNA（ctDNA）分析為癌癥的檢測和監(jiān)控提供了一種非侵入性的方法，引發(fā)各界關注。通常，人們是從中尋找癌癥相關的突變。不過，香港中文大學的研究人員另辟蹊徑，通過一種新穎的方法來捕捉DNA片段中的腫瘤信號。

在這項周一發(fā)表于《美國科學院院刊》（PNAS）的研究中，研究小組通過對肝細胞癌、肝移植和肝炎患者血漿樣本的分析，表明DNA片段的末端坐標可以作為癌癥的標志物，這有望提高液體活檢的成本效益。

這項研究由香港中文大學的盧煜明（Dennis Lo）教授領導。他是無創(chuàng)產(chǎn)前檢測（NIPT）的奠基人，也是液體活檢領域的先驅。他曾經(jīng)與美國Grail公司合作，將與病毒相關的頭頸癌檢測商業(yè)化。

在這項研究中，研究人員首先描述了他們開發(fā)的各種方法，可用于檢測血漿中與癌癥相關的體細胞突變（包括驅動突變和過客突變）。然后，他們將注意力轉移到除突變之外的其他癌癥信號。

研究人員介紹稱，除了尋找腫瘤突變之外，目前正在研究的其他方法包括DNA甲基化、核小體定位，以及腫瘤相關病毒的檢測（僅適用于某些癌癥）。

最近的研究證明，游離DNA的片段化是一個非隨機的過程。因此，盧教授及其合作者認為，他們有望找到腫瘤DNA特有的模式，并用于鑒定癌癥是否存在。

利用一組肝移植受體的血漿樣本，研究人員首先表明，肝臟來源的游離DNA分子比非肝臟來源的分子更傾向于在某些基因組坐標上終止。之后，他們分析了一組肝癌患者的測序數(shù)據(jù)，并將其與慢性乙肝患者的樣本進行比較，發(fā)現(xiàn)了腫瘤特異性的血漿DNA的末端坐標。

研究人員表示，這些具有癌癥特異性末端坐標的循環(huán)DNA分子的豐度也與患者的腫瘤DNA部分密切相關。同時，整個基因組中有數(shù)百萬個與腫瘤相關的血漿DNA末端坐標，這表明它們比體細胞突變更容易檢測到。作者認為，這種基于末端坐標的方法可能為尋找血液中的癌癥跡象提供了一種更便宜的方法。

因此，將體細胞突變檢測與腫瘤相關DNA的末端坐標相結合有望大大提高液體活檢的敏感性。“評估這些末端坐標在癌癥早期無創(chuàng)檢測中的價值將會很有趣，”研究小組得出結論。

盧教授及其同事報告稱，他們已就這項研究所報告的數(shù)據(jù)提交了專利申請。

原文檢索

Preferred end coordinates and somatic variants as signatures of circulating tumor DNA associated with hepatocellular carcinoma

PNAS published ahead of print October 29, 2018 https://doi.org/10.1073/pnas.1814616115