深圳子科生物報(bào)道：單細(xì)胞測(cè)序技術(shù)填補(bǔ)了生命科學(xué)領(lǐng)域的許多空白，依靠這項(xiàng)技術(shù)，康涅狄格大學(xué)健康中心和杰克遜實(shí)驗(yàn)室（JAX）的研究人員已經(jīng)鑒定出了40種視網(wǎng)膜神經(jīng)節(jié)細(xì)胞（retinal ganglion cells，RGCs）亞型，以及用于區(qū)分它們的遺傳標(biāo)記和轉(zhuǎn)錄因子。

得益于液滴單細(xì)胞RNA測(cè)序技術(shù)（droplet-based single-cell RNA sequencing），研究人員現(xiàn)在能單獨(dú)分離每個(gè)細(xì)胞并擴(kuò)增其遺傳物質(zhì)來(lái)探查RNA組成。這才允許科研人員對(duì)給定類型細(xì)胞（例如RGCs）進(jìn)行詳細(xì)普查，識(shí)別它們不同亞型之間的細(xì)微分子差異。

RGCs將視覺(jué)數(shù)據(jù)從眼睛傳遞給大腦，之前已經(jīng)識(shí)別了30種RGCs亞型，利用單細(xì)胞RNA測(cè)序，研究小組分析了6225個(gè)來(lái)自新生小鼠左右眼的單個(gè)RGCs，檢測(cè)到大約5000個(gè)表達(dá)基因，通過(guò)聚類算法運(yùn)行所得數(shù)據(jù)，將細(xì)胞分類為40個(gè)子類型。

由神經(jīng)科學(xué)系教授Ephraim F. Trakhtenberg博士領(lǐng)導(dǎo)的這項(xiàng)研究發(fā)表于《Nature Communications》，他們?yōu)樯飳W(xué)領(lǐng)域的一大類問(wèn)題提供了新參考：細(xì)胞的亞型或類型由什么決定？

哺乳動(dòng)物中樞神經(jīng)系統(tǒng)高度復(fù)雜，涉及許多專門(mén)的神經(jīng)元類型和亞型以及它們之間的相互作用。研究小組之所以選擇調(diào)查RGCs，是因?yàn)榕c其他主要神經(jīng)元類型相比，它們是迄今為止鑒定出最多亞型的一類細(xì)胞。并且，其他視網(wǎng)膜細(xì)胞類型（例如，光感受器）已經(jīng)在單細(xì)胞水平上被廣泛研究了。因此，研究人員希望測(cè)定RGCs亞型之間的分子差異，并找到它們的獨(dú)特標(biāo)記。

除了鑒定新RGC亞型和生物標(biāo)記，研究人員還指出了將細(xì)胞分化為這些亞型所需的基因表達(dá)變異量，并提出了從細(xì)胞型群體到亞型群體的層次結(jié)構(gòu)。目前，該研究公開(kāi)數(shù)據(jù)可訪問(wèn)UConn Health網(wǎng)站“RGC Subtypes Gene Browser”免費(fèi)獲取。

原文檢索：Single cell transcriptome profiling of retinal ganglion cells identifies cellular subtypes