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單細(xì)胞RNA-seq揭示癌癥疼痛:神經(jīng)元樣巨噬細(xì)胞亞群與癌癥疼痛相關(guān)


背景
癌癥仍然是全世界死亡的主要原因。許多
惡性腫瘤的患者要忍受慢性疼痛,晚期肺癌、乳腺癌、前列腺癌或胃腸道癌患者尤甚,這嚴(yán)重影響了他們的生活質(zhì)量。闡明癌癥疼痛的潛在機(jī)制對于指導(dǎo)治療的發(fā)展相當(dāng)重要。

一般認(rèn)為,癌癥疼痛部分是由腫瘤微環(huán)境(TME)中的組織損傷和炎癥引起的,但其機(jī)制尚不清楚。慢性炎癥往往與癌癥的發(fā)展和進(jìn)展有關(guān),目前尚不清楚慢性炎癥如何驅(qū)動癌癥并發(fā)癥——尤其是慢性疼痛的發(fā)生。一直以來神經(jīng)元可塑性被認(rèn)為是慢性疼痛發(fā)生和維持的關(guān)鍵機(jī)制。通常在外周組織損傷和炎癥后,會出現(xiàn)傷害險感受器(nociceptor)水平上的末梢致敏,這個過程是將急性損傷感受轉(zhuǎn)變?yōu)槁蕴弁吹年P(guān)鍵。傷害性感覺神經(jīng)元不僅對免疫信號作出反應(yīng),而且能直接調(diào)節(jié)炎癥反應(yīng)——沉默傷害感受器可以減少過敏性氣道的炎癥足以證明這點(diǎn)。

越來越多的證據(jù)表明,包括巨噬細(xì)胞在內(nèi)的許多非神經(jīng)元細(xì)胞類型在痛覺中起著重要作用。有研究提出巨噬細(xì)胞在外周疼痛調(diào)節(jié)中的新作用。在小鼠中耗竭巨噬細(xì)胞,而不是中性粒細(xì)胞或T細(xì)胞,能有效地減少切口的發(fā)展和病原體引起的機(jī)械和熱敏感性,伴隨著炎癥部位白細(xì)胞介素-1β(IL-1β)和其他促痛覺介質(zhì)的下調(diào)。巨噬細(xì)胞也被發(fā)現(xiàn)通過間接釋放抗炎介質(zhì),如IL-10和專門的促溶解介質(zhì)來影響鎮(zhèn)痛。

研究亮點(diǎn)

香港中文大學(xué)的研究人員成功利用單細(xì)胞RNA測序分析巨噬細(xì)胞在組織炎癥和癌癥條件下轉(zhuǎn)錄組的動態(tài)變化,發(fā)現(xiàn)了一種直接促進(jìn)腫瘤神經(jīng)發(fā)生的“巨噬細(xì)胞-神經(jīng)元樣細(xì)胞轉(zhuǎn)化”(“macrophage to neuron-like cell transition”,MNT)現(xiàn)象,并在肺癌模型中進(jìn)行了巨噬細(xì)胞耗竭和命運(yùn)定位研究,確定巨噬細(xì)胞特異性Smad3是在基因組水平上促進(jìn)MNT的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子;它的破壞有效地阻斷了腫瘤的神經(jīng)支配和體內(nèi)腫瘤依賴性的傷害行為。因此,“巨噬細(xì)胞-神經(jīng)元樣細(xì)胞轉(zhuǎn)化”(MNT)可能是癌癥疼痛的精確治療靶點(diǎn)。

1. 作者用流式分選從LysM-Cre/ROSA-tdTomato小鼠 LLC肺癌模型的腫瘤中分離出巨噬細(xì)胞譜系的細(xì)胞,進(jìn)行10×Genomics scRNA-seq分析——單細(xì)胞RNA測序(scRNA-seq)是一種在基因組范圍內(nèi)分辨細(xì)胞異質(zhì)性的新興方法,它可以用于分辨發(fā)育過程或者外部刺激過程中的轉(zhuǎn)錄網(wǎng)絡(luò)時序,這種信息通常在群體分析中被掩蓋了;而在腫瘤微環(huán)境中的轉(zhuǎn)錄組特征和表型是高度動態(tài)的——由于癌細(xì)胞的刺激,巨噬細(xì)胞的表型可以通過轉(zhuǎn)錄調(diào)控迅速改變。他們發(fā)現(xiàn)一組高度表達(dá)神經(jīng)元分化標(biāo)志物Tubb3的腫瘤相關(guān)巨噬細(xì)胞(TAM),根據(jù)MetaCore生物信息學(xué)平臺的GO分析(gene ontology),其上調(diào)的差異表達(dá)基因與神經(jīng)元生成高度相關(guān)。研究人員發(fā)現(xiàn)在活體中的這種LLC腫瘤的Tubb3+ TAM細(xì)胞轉(zhuǎn)錄水平上表現(xiàn)為巨噬細(xì)胞標(biāo)志物表達(dá)缺失,而神經(jīng)生成相關(guān)基因(如Map1b, Syt13, Cyb5d2, Pax6, Cdon, Wnt5a, Pex2等)表達(dá)。雙光子活體成像進(jìn)一步證實(shí)了這種具有神經(jīng)纖維樣形態(tài)的巨噬細(xì)胞譜系(tdTomato+)衍生細(xì)胞的存在,其鈣外排水平(OGB-1+)增強(qiáng)。脂質(zhì)體氯膦酸鹽介導(dǎo)的巨噬細(xì)胞耗竭消除了LLC腫瘤中這種神經(jīng)元樣亞群的形成,Tubb3+ TAM細(xì)胞的存在與癌癥相關(guān)疼痛反應(yīng)行為顯著相關(guān)。

作者還在10×Gnomics的 scRNA-seq人類非小細(xì)胞肺癌(NSCLC)活檢數(shù)據(jù)集中發(fā)現(xiàn)了TUBB3+CD68 TAM亞群(有包括BMP7、SHANK、CHL1和PAX6等神經(jīng)元基因的強(qiáng)表達(dá))。這個前所未知的TUBB3+ TAM亞群顯示出與TUBB3+神經(jīng)元細(xì)胞類似的神經(jīng)元樣轉(zhuǎn)錄組特征,與人類神經(jīng)疾病高度相關(guān)。在人腎細(xì)胞癌和肝細(xì)胞癌中也發(fā)現(xiàn)了這種神經(jīng)元樣TAM亞群的存在,并在大規(guī)模的NSCLC患者活檢中進(jìn)一步證實(shí)。通過共聚焦三維成像可視化在NSCLC中的TAM亞群,并通過流式細(xì)胞分析檢測其腫瘤特異性定位,比較NSCLC和正常肺組織,表明TUBB3+ TAM亞型在腺癌NSCLC中高度存在,并與人TME中神經(jīng)元分化標(biāo)志物TUBB3的表達(dá)呈正相關(guān)。值得注意的是,TUBB3+ TAMs的豐度(TUBB3+ CD68+/CD68+比值> 30%)與老年NSCLC患者較差的生存率顯著相關(guān),它們上調(diào)的差異表達(dá)基因與神經(jīng)疾病高度相關(guān)(亨廷頓舞蹈病、帕金森病和阿爾茨海默病),表明這個前所未知的TAM子集對神經(jīng)發(fā)生的潛在貢獻(xiàn)。

2. 為了更好地理解Tubb3+ TAM亞群在腫瘤神經(jīng)發(fā)生中的動態(tài)和潛在貢獻(xiàn),作者使用最新的生物信息學(xué)平臺RNA速率分析—— 一個RNA轉(zhuǎn)錄和剪切的動力學(xué)模型,用于評估單個細(xì)胞從而進(jìn)行最終分化細(xì)胞與親本細(xì)胞之間的因果推斷——對Tubb3+TAM數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,兩種方法(RNA速率和MuTrans分析方法)均證實(shí)Tubb3+ TAM亞群來自巨噬細(xì)胞譜系。共聚焦成像技術(shù)在活體LysM-Cre/ROSA-tdTomato小鼠LLC腫瘤中觀察到巨噬細(xì)胞系來源的Tubb3+細(xì)胞,占流式細(xì)胞術(shù)和圖像分析檢測到的腫瘤Tubb3+細(xì)胞總數(shù)的90%以上。為了確認(rèn)巨噬細(xì)胞在TME中直接轉(zhuǎn)變?yōu)樯窠?jīng)元樣細(xì)胞的可能性,通過擬時間分析其發(fā)育階段的關(guān)系,結(jié)果證實(shí)了腫瘤微環(huán)境中Tubb3?Cd68+ TAM在轉(zhuǎn)錄水平上完全轉(zhuǎn)變?yōu)門ubb3+ Cd68?神經(jīng)元樣細(xì)胞。這些發(fā)現(xiàn)提示了前所未知的“巨噬細(xì)胞向神經(jīng)元樣細(xì)胞轉(zhuǎn)化”(MNT)現(xiàn)象,可能是一種以前未知的豐富的神經(jīng)元樣細(xì)胞來源,可直接促進(jìn)腫瘤神經(jīng)支配。

3. 為更好理解Tubb3+TAM亞群在腫瘤神經(jīng)生成中的作用,作者在LLC同源基因肺癌模型的LysM-Cre/iDTR小鼠中進(jìn)行巨噬細(xì)胞耗竭,發(fā)現(xiàn)Tubb3+ TAMs顯著減少,通過體內(nèi)的髓源性巨噬細(xì)胞(BMDM)過性轉(zhuǎn)移能成功地逆轉(zhuǎn)LLC腫瘤中的Tubb3+ TAMs。他們還發(fā)現(xiàn)體外LLC癌細(xì)胞條件培養(yǎng)基(CM)能刺激BMDM中的神經(jīng)元形態(tài);在TGF-β1刺激下發(fā)現(xiàn)BMDM出現(xiàn)成纖維細(xì)胞樣形態(tài)。TGF-β1預(yù)處理可進(jìn)一步增強(qiáng)癌細(xì)胞培養(yǎng)基誘導(dǎo)的BMDM神經(jīng)元形態(tài)。與體外TGF-β1相比,CM刺激的BMDM中檢測到更高表達(dá)的神經(jīng)元分化介質(zhì)(即Tubb3、NeuN和Pou4f1),表明癌癥條件是啟動“巨噬細(xì)胞向神經(jīng)元樣細(xì)胞轉(zhuǎn)化”(MNT)的關(guān)鍵因素。

對MNTs上調(diào)的差異表達(dá)基因進(jìn)行無偏生物信息學(xué)分析,發(fā)現(xiàn)了與神經(jīng)遞質(zhì)釋放和受體表達(dá)相關(guān)的基因網(wǎng)絡(luò)。巨噬細(xì)胞譜系scRNA-seq分析顯示,突觸前膜鈣離子傳感器(Syt13和Syt14)、神經(jīng)遞質(zhì)合成酶(Aldh9a1和Dagla)和感覺神經(jīng)元功能標(biāo)記(TrkA和Prph)的表達(dá)在“巨噬細(xì)胞向神經(jīng)元樣細(xì)胞轉(zhuǎn)化”(MNT)中高度富集,提示MNT在腫瘤感覺中可能發(fā)揮的潛在作用,可能導(dǎo)致癌癥疼痛。

用經(jīng)典的傷害性刺激辣椒素(一種TRPV蛋白的激動劑,TRPV蛋白負(fù)責(zé)響應(yīng)癌癥疼痛感),通過OGB-1成像鈣外流來表征MNTs的生物學(xué)功能,結(jié)果發(fā)現(xiàn)BMDM衍生的MNTs (Tubb3+ tdTomato+細(xì)胞)有鈣流響應(yīng),而體外未受刺激的BMDM對照中沒有檢測到響應(yīng)。BMDM來源的MNTs也對GSK1016790A(痛覺受體Trpv4激動劑)和KCl(神經(jīng)元電壓門控鈣通道激動劑)的刺激有反應(yīng)。

將體外產(chǎn)生的BMDM來源的MNTs過繼轉(zhuǎn)移到具有巨噬細(xì)胞功能障礙的非肥胖糖尿病/重度聯(lián)合免疫缺陷(NOD/SCID)小鼠中,MNTs的局部過繼轉(zhuǎn)移顯著增加了NOD/SCID小鼠的癌癥相關(guān)傷害感受反應(yīng)。在人和小鼠MNT中均能檢測到神經(jīng)元鈣信號(p-CREB和Camk2d)的激活;特別是在MNTs中檢測到疼痛受體Ano1和Trpc1的特異性表達(dá),以及在體內(nèi)LLC腫瘤中表達(dá)突觸素的MNTs與體外BMDM衍生的MNTs的神經(jīng)回路形成的聯(lián)系,證明了MNTs參與TME促進(jìn)癌癥疼痛。這些數(shù)據(jù)表明,MNTs在腫瘤中可能表現(xiàn)出傷害受體樣活性,這可能是癌癥疼痛的潛在治療靶點(diǎn)。

4.共聚焦顯微鏡證實(shí)了人類NSCLC活檢樣本的MNTs中存在SMAD3的過度激活,另外Opal多重免疫組化染色證實(shí)巨噬細(xì)胞特異性Smad3與人類NSCLC中MNTs的豐富度之間的關(guān)系。因此,作者研究了在實(shí)驗(yàn)性肺癌模型中的Smad3依賴性TME在MNT中的調(diào)節(jié)作用。結(jié)果發(fā)現(xiàn),在Smad3敲除(Smad3-KO小鼠)的LLC腫瘤TME中,不僅MNT而且腫瘤相關(guān)的傷害行為也被大幅度抑制,這意味著Smad3依賴性TME在MNT調(diào)控中起著至關(guān)重要的作用。

在體外實(shí)驗(yàn)中,Smad3缺失顯著阻止了LLC癌細(xì)胞培養(yǎng)基誘導(dǎo)野生型BMDMs表達(dá)神經(jīng)元標(biāo)記物。作者通過將Smad3-野生型(WT)或Smad3-KO型BMDMs轉(zhuǎn)入巨噬細(xì)胞功能障礙的NOD/SCID小鼠LLC肺癌模型中,發(fā)現(xiàn)過繼轉(zhuǎn)移野生型BMDM會顯著增加MNT和癌癥相關(guān)的傷害行為,而過繼轉(zhuǎn)移缺乏Smad3的BMDMs (KO-BMDM)則顯著抑制了MNT,提示Smad3在MNT中的重要性。

使用特異性抑制劑SIS3對Smad3進(jìn)行藥物抑制可以有效地阻斷“巨噬細(xì)胞向神經(jīng)元樣細(xì)胞轉(zhuǎn)化”(MNT)及其相關(guān)的腫瘤神經(jīng)分布(Tubb3+和NeuN+細(xì)胞)和LLC攜帶小鼠的癌癥相關(guān)的自發(fā)傷害行為。因此,Smad3可能是靶向MNT驅(qū)動的癌癥神經(jīng)發(fā)生的藥物靶點(diǎn)。(子科生物報道)

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